MBR膜組件清洗方式主要有在線維護清洗、在線加強清洗、離線清洗三種方式。
(1)在線維護性清洗
維護性清洗定期清除膜面的污染物，抑制污染層的增厚及跨膜壓差的上升，以達到穩定運行的目的。維護性清洗時，停止曝氣。
維護性清洗的頻率通常為1次/1周，采用有效氯濃度為300mg/L～500mg/L的NaClO，從產水側定量注入膜組件內，藥劑注入時間為30min，藥劑注入完成后靜置浸泡30min。單位膜面積藥劑量為2~2.5L/m2，總的藥劑配制量要計算輸送管道容量。
(2)在線加強洗
在線加強洗每1-3個月或抽吸壓超過設定值時(=膜間壓差上升時)進行，其目的是清除膜面的的污染物，使膜性能恢復到接近初始的狀態。
停止曝氣，有效氯濃度2000-3,000mg/L的NaOCl溶液，從產水側定量注入清洗液，注入時間為30
min，注入完畢后，靜置90min。單位膜面積用藥量為2~2.5L/m2，總藥劑配制量要計算輸送管道容量。
NaOCl清洗之后，若跨膜壓差仍較高，可進行在線酸洗(1-2%草酸、1-2%檸檬酸、0.1～0.2%鹽酸)，清除無機垢。在進行酸清洗時，先要把管路及泵內的NaOCl清洗干凈，以免生成氯氣(有毒氣體)。
(3)離線清洗
當前兩種清洗方式不能恢復膜性能時，要進行離線清洗，把膜組件吊出浸沒在專用清洗池內，清除污染物，使膜性能恢復到接近初期值的狀態。浸泡清洗一般都能夠顯著恢復膜性能。
離線清洗時，將整體膜組件或單個膜片浸入堿性清洗藥劑(效氯濃度2000-3,000mg/L、pH10~11的NaClO溶液)或酸性清洗藥劑(1-2%草酸或檸檬酸、0.1～0.5%硫酸或鹽酸)中。浸泡時間NaClO為6～24h小時，酸為2h。
膜組件在浸入清洗水池之前，要用水將膜表面附著的污泥清洗掉，可以減少清洗藥劑的使用量，提高清洗的效果。浸泡清洗時可以間斷曝氣，使藥劑充分混勻，維持膜表面的藥劑濃度，必要時，間斷加入NaClO等藥劑維持清洗液的濃度。
